'''Endotoksiinit''' ovat [[gramnegatiivinen bakteeri|gramnegatiivisten bakteerien]] ulkokalvon sisältämiä myrkkyaineita, jotka vapautuvat bakteerin hajotessa. Termi erottelee nämä toksiinit [[eksotoksiini|eksotoksiineista]], joita bakteerit erittävät ulkopuolelleen.
Endotoksiinista puhuttaessa tarkoitetaan usein [[lipopolysakkaridi]]a (LPS), jonka lipidi A -osa aiheuttaa [[infektio]]n aikana isäntäelimistössä toksisia reaktioita: kuumetta, valkosolujen ja verihiutaleiden niukkuutta sekä mahdollisesti [[sokkišokki|sokinšokin]] (endotoksiinisokkiendotoksiinišokki). Endotoksiineja ovat kuitenkin myös ''[[Bacillus thuringiensis]]'' -bakteerin [[Bt-toksiinit|delta-endotoksiinit]], jotka ovat kiteisiä [[proteiini|proteiineja]].<ref>{{Lehtiviite | Otsikko=Väitökset 27.1.-5.4.2001. Siirtogeeninen torjuntamenetelmä kaalikasvien hyönteistuhojen rajoittamiseksi | www=http://yliopistolehti.helsinki.fi/2001_10/vaitokset.html | Julkaisu=YLIOPISTO-lehti | Numero=10 | Vuosi=2001 }}</ref><ref>{{Lehtiviite | Julkaisu=Ecotoxicology and Environmental Safety | Vuosikerta=72 | Vuosi=2009 | Sivut=17–25 | Kieli={{en}} | Otsikko=Occurrence of the transgenic corn ''cry1Ab'' gene in freshwater mussels (''Elliptio complanata'') near corn fields: Evidence of exposure by bacterial ingestion | Tekijä=M. Douville, F. Gagné, C. André, C.Blaise}}</ref>
