Lyhennesanan ja kirjainlyhenteen ero ei kuitenkaan ole täysin yksiselitteinen. Jotkin normaalisti kirjain kerrallaan ääntyvät lyhenteet saattavat ainakin periaatteessa esiintyä myös akronyymeinä: ”[[United States of AmericaYhdysvallat|USA]]” lausutaan tavallisesti kirjaimittain [uu-es-aa] mutta toisinaan leikillisesti sanana [usa]; ”[[uniform resource locator|URL]]” voidaan lausua huolitellusti [uu-är-äl] tai arkisesti [url] tai [urli]. Etenkin arkisessa puhekielessä kirjainlyhenteet helposti pyrkivätkin muuntumaan lyhennesanoiksi, jos ne ylipäätään on mahdollista lausua sanoina.<ref name="Räsänen">[http://www.kotus.fi/index.phtml?s=2527 M. Räsänen, ”Miten lyhennettä TEM taivutetaan?”] Kotus, 2008.</ref> Käänteisesti lyhennesanat on toki aina mahdollista ääntää kirjain kirjaimelta, mutta tämä tuntuu usein kömpelöltä, varsinkin jos lyhennesana on pitkä.
Erityistapauksia ovat sellaiset yhdyslyhenteet, joissa kirjaimittain ääntyvä lyhenne liittyy sananomaisesti ääntyvään akronyymiosaan: ”[[compact disc (readCD-only memory)levy|CD-rom]]” [see-dee-rom], ”[[Joint Photographic Experts Group|JPEG]]” [jii-peg].
Toisaalta on kyseenalaista, voidaanko sellaisia lyhennesanoja kuin ”luomu”, ”[[Kalevan Pallo|KalPa]]” ('''Kal'''evan '''Pa'''llo) tai ”[[Kotimaisten kielten tutkimuskeskuskeskus|Kotus]]” ('''Ko'''timaisten kielten '''tu'''tkimuskesku'''s''') pitää alkukirjainlyhenteiden alaryhmän edustajina, kun ne suurimmaksi osaksi muodostuvat muista kuin alkukirjaimista.
