Pyhäjoessa on tehty mittavia vesistöjärjestelyjä tulvariskien pienentämiseksi ja vesivoiman tuottamiseksi. Jokeen on rakennettu viisi voimalaitosta, jotka ovat alajuoksulta lukien Hourunkosken, Haapakosken, Venetpalon, Kalliokosken, ja Vesikosken voimalaitokset. Yhteensä vesistöstä saatava sähköteho on noin 4,1 MW, ja vuotuinen energiantuotto noin 17,5 GWh.<ref name="vesirakentaja">{{Verkkoviite|osoite = http://www.vesirakentaja.fi/html/vesistot/54%20Pyhajoki.pdf|nimeke = Pyhäjoen vesistöalue|julkaisu = Voimaa vedestä 2007|julkaisija = Oy Vesirakentaja|viitattu = 1.4.2015|tekijä = |ajankohta = 31.1.2008}}</ref>
Pyhäjokeen on kaavailtu muitakin voimalaitoksia. 1960-Luvullaluvulla Revon Voima Oy suunnitteli voimalaitosta myös Pyhänkoskeen, mutta hanke ei toteunut. Tarkoitus oli rakentaa voimalaitos noin kilometri etelään jokiuomasta, ja johtaa vesi sinne Pyhänkosken ohi kaivettavaa kanavaa pitkin. Nykyään joen alajuoksu Haapakosken voimalaitokselle saakka on suojeltu [[koskiensuojelulaki|koskiensuojelulailla]].<ref name="vesirakentaja" />
