Huhtikuussa 2010 kaksi muslimituristia pidätettiin katedraalissa välikohtauksen jälkeen, jossa kaksi turvallisuudenvartijaajärjestyksenvalvojaa loukkaantui vakavasti. Välikohtaus tapahtui [[Suuri viikko|Suuren viikon]] aikana, kun katedraali oli täynnä turisteja.<ref name=Tremlett>{{cite news| url=http://www.guardian.co.uk/world/2010/apr/01/muslim-catholic-mosque-fight?INTCMP=ILCNETTXT3487 | location=London | work=The Guardian | first=Giles | last=Tremlett | title=Two arrested after fight in Cordoba's former mosque | date=2010-04-01}}</ref>
<ref name=Keeley>{{cite news| url=http://www.timesonline.co.uk/tol/news/world/europe/article7085695.ece#cid=OTC-RSS&attr=797093 | location=London | work=The Times | first=Graham | last=Keeley | title=Muslims arrested for trying to pray in Crdobas former Great Mosque | date=2010-04-03}}</ref>
Katedraalin edustajien mukaan puoli tusinaa itävaltalaista muslimia polvistui rukoilemaan samaan aikaan. He kuuluivat 118-henkiseen ryhmään nuoria eurooppalaisia muslimeita, joille oli järjestetty kiertomatka. Miesten polvistuttua rukoilemaan turvallisuudenvartijatjärjestyksenvalvojat ”pyysivät miehiä jatkamaan matkaa muun ryhmän mukana tai lähtemään rakennuksesta”.<ref name=Keeley/><ref name= Tremlett/> Kun miehistä kaksi kieltäytyi noudattamasta vartijoidenjärjestyksenvalvojien pyyntöä, syntyi käsirysy ja poliisit jouduttiin kutsumaan paikalle. Kaksi turvallisuudenvartijaajärjestyksenvalvojaa loukkaantui vakavasti, ja kaksi niskoittelevaa miestä pidätettiin. Espanjan media väitti, poliisilähteitä käyttäen, että toisella pidätetyistä miehistä oli ollut mukanaan puukko.<ref name=Keeley/><ref name=Tremlett/><ref name=cnn>{{cite news| url=http://edition.cnn.com/2010/WORLD/europe/08/17/cordoba.mosque.spain/index.html | work=CNN | title=Muslims in Spain campaign to worship alongside Christians | date=2010-09-07}}</ref>
