Malmin asemanseutu muutettiin teollisuusalueesta asuinalueeksi 1980- ja -90 1990-luvuilla, ja asemakin päätettiin uudistaa. Vuonna 1986 valmistui uusi asemarakennus entisen aseman pohjoispuolelle. Uuden asemarakennuksen läpi johdettiin [[Ylä-Malmi|Ylä-]] ja [[Ala-Malmi]]n yhdistävä katettu kävelysilta. Vanhan asemarakennuksen eteläpuolinen laituri purettiin. Myöhemmin Kirkonkyläntien sillan yhteyteen rakennettiin puolikaaren muotoinen bussiterminaali radan päälle, josta ovat liukuportaat laitureille 3 ja 4. Vuonna 1996 valmistui Tikkurilan kaupunkirata<ref>[http://www.raitio.org/vrlahi/juna1.htm Lähiliikenteen historia Suomen raitiotieseura]</ref>, joka mahdollisti vuoromäärän merkittävän lisäämisen ja toi neljännen laiturin Malmille. Kaupunkiradan valmistumisen jälkeen Malmilla pysähtyvät lähiliikennejunat käyttävät laitureita 3 ja 4. Raiteita 1 ja 2 ne käyttävät vain poikkeustilanteissa kuten ratatöiden aikana; normaalisti näitä raiteita pitkin kulkevat vain kaukoliikenteen sekä Malmilla pysähtymättömät lähiliikenteen junat. Lipunmyynti lakkautettiin Malmilla vuonna 2004, mutta laiturilla on sekä [[Helsingin seudun liikenne|HSL]]:n että VR:n lipunmyyntiautomaatti. Neljännessä asemarakennuksessa on ollut alusta asti kaupalliseen käyttöön rakennettuja tiloja, kuten ravintola ja entisessä lipunmyyntitoimistossa toimii kahvila/etninen ruokakauppa.
Nykyään (vuonna 2011) Malmilla pysähtyy arkena ruuhka-aikaan 12 junaa tunnissa suuntaansa, sekä muina aikoina suurimmillaan 6 junaa tunnissa suuntaansa viikonpäivästä ja ajankohdasta riippuen<ref>[http://www.vr.fi/attachments/aikataulut/kotimaanliikenne/newfolder_23/5s6AxC2wW/Malmi.pdf Malmin aseman lähtevät junat 2011]</ref> ja Malmi on matkustajamäärältään lähiliikenteen merkittävimpiä asemia<ref>[http://www2.liikennevirasto.fi/julkaisut/pdf3/raportti_2010_henkiloliikennepaikkojen_kehittamisohjelma_web.pdf Liikenneviraston raportti, s.33]</ref>.
