Jalkapallouransa lopetettuaan, Honkavaara nimettiin FC Viikinkien valmennusryhmään. Hän toimi seuran valmentajana ensin reservijoukkueessa ja sittemmin edustusjoukkueessa aina kauden 2009 loppuun saakka. Syksyllä 2009 hänet valittiin HIFK:n päävalmentajaksi, jossa hän menestyksekkäästi valmensi joukkueen [[Ykkönen (jalkapallo)|Ykköseen]] [[YkkösenKakkosen kausi 2010|kauden 2010]] päätteeksi. Hän erosi kuitenkin tehtävästä [[Ykkösen kausi 2011|kauden 2011]] jälkeen, valmentaen joukkueen 9:ksi, siten joukkueen säilyttäen sarjapaikkansa. <ref>http://kymppipaikka.fi/Ykkonen/Honkavaaran-jattaa-HIFK-n-Koin-jatkamisen-vaikeaksi-ja-jopa-mahdottomaksi</ref> Menestyksekkään HIFK-jaksonsa jälkeen hänet valittiin [[Oulunkylä|oulunkyläläisen]] [[IF Gnistan|Gnistanin]] päävalmentajaksi. Hyvästä menestyksestä huolimatta hän jätti pestinsä perhesyihin vedoten. <ref>http://www.gnistan.fi/2012/10/jani-honkavaara-ei-jatka-gnistanin-paavalmentajana/</ref> Pian tämän jälkeen hänet valittiin jo toisen kerran HIFK:n päävalmentajan rooliin. HIFK oli [[Ykkösen kausi 2012|kauden 2012]] päätteeksi pudonnut [[Juha Moilanen|Juha Moilasen]] johdolla takaisin [[Kakkonen (jalkapallo)|Kakkoseen]]. <ref>http://hifkfotboll.fi/14374/</ref> Heti seuraavalla [[Kakkosen kausi 2013|kaudella]] HIFK nousi kuitenkin Kakkosen itälohkosta Honkavaaran valmentamana takaisin Ykköseen.