Pitkäkarvainen skotlanninpaimenkoira on yleisesti katsottuna verrattain terve rotu. Se kuuluu Suomessa [[PEVISA]]-ohjelmaan, ja pentueen rekisteröintivaatimuksiin kuuluu vanhempien lonkkakuvaus- ja silmätarkastuslausunnot. Perinnöllisistä sairauksista rodulla esiintyy [[lonkkaniveldysplasia]], [[collien silmäanomalia|CEA:ta]] ja[[ haiman vajaatoiminta]]a.
Collie on yleisesti katsottuna terve rotu. Collie kuuluu PEVISA-rotuihin, eli perinnöllisten vikojen ja sairauksien vastustamisohjelmaan. Jotta collie-pennut rekisteröitäisiin, niiden vanhemmilla täytyy olla lonkkakuvauslausunnot ja silmätarkastustulokset. Pk. collien perinnöllisiin sairauksiin kuuluvat lonkkaniveldysplasia, CEA ja haiman vajaatoiminta. Lonkkaniveldysplasia, eli lonkkanivelen kasvuhäiriö on perinnöllinen vika, mutta se ei kuitenkaan periydy selvän ja yksinkertaisen kaavan mukaan. Lonkkavian ilmenemiseen vaikuttaa myös paljon ympäristötekijät. Colliella ei lonkkavikaa kuitenkaan ole ongelmaksi asti.
CEA, eli ''collie eye anomaly'' on yleisnimitys collierodulla tavattaviin silmäsairauksiin. Se on hyvin yleinen ja todennäköisesti kaikki maammesuomalaiset colliet ovat sen kantajia, mutta onneksi se onesiintyy vainvakava-asteisena todellahyvin harvoin vakava. CEA:n ensimmäinen aste, CH ja CRD ei vaikuta koiran näkökykyyn mitenkään. Toinen aste,Coloboma''coloboma'' ei yleensä vaikuta koiran näkökykyyn. Kolmas aste Ablaatioablaatio vaikuttaa näkökykyyn heikentävästi, ja koira saattaa jopa sokeutua kokonaan. SeSairauden eteneminen kolmanteen asteeseen on kuitenkin harvinaista, ja useimmiten se näkyyvaikuttaa vain toisessatoiseen silmässä, jolloin näkökyky ei mene kokonaansilmään. Neljäs muoto on silmänsisäiset verenvuodot. Se voi osittain parantua, mutta on todennäköistä että niitä ilmenee iän myötä uudelleen. Tämä on todella harvinainen, mutta kuitenkin äärettömänhyvin vakava tila colliella, ja voi aiheuttaa kivuliasta silmän sisäistä painetta.
Haiman vajaatoiminta on erittäin harvinaista, sitä esiintyy noin 1% collieista. Haiman vajaatoiminnan on todettu olevan perinnöllinen pitkäkarvaisilla collieilla. Sairauden puhkeamiseen vaikuttaa todennäköisesti myös ympäristötekijät perintötekijöiden lisäksi. Oireet ilmenevät tavallisesti 1-3 vuoden iässä.
