MiKillä on yhteensä 7 juniorijoukkuetta MiKi Nappulat (s. 2006) -ikäluokasta lähtien. Seuran korkein ikäluokka, B-juniorit, osallistuipelaa keväälläkaudella 20132014 B-poikien alueelliseenalueellisessa Kakkoseen yhteisjoukkueella [[Ristiina|ristiinalaisen]] Ri-Pa:n kanssa, mutta putosi syyskaudeksi B-poikien Kaakkois-Suomen piirin KolmoseenKakkosessa. Parhaimmillaan MiKi:n B-juniorit pelasivat kaudella 1996 SM-sarjassa, ja lisäksi MP:n kanssa FC Mikkeliksi yhdistyneet A-juniorit saivat SM-hopeaa vuonna 1999. MiKi on myös järjestänyt vuodesta 1987 lähtien Mikkeli-turnauksen 7–13-vuotiaille junioreille ikäluokittain. Vuonna 2011 Mikkeli-turnaukseen osallistui 72 eri joukkuetta, parhaimmillaan osallistujien määrä oli vuonna 2008 yli 100.
