'''Jakob Flachsenius''' ([[1633]] [[Vehmaa]] – [[18. helmikuuta]] [[1694]] [[Turku]]) oli [[filosofi]], [[professori]] ja [[Turun akatemia]]n rehtori 1673–1674 sekä 1682–1683.
Flachseniuksen vanhemmat olivat [[Länsi-Götanmaa]]lla syntynyt ratsutilallinen Henrik Henrikinpoika ja Margareta Jaakontytär. Hän opiskeli Turussa ja [[UpsalaUppsala]]ssa, valmistuen maisteriksi 1656. Turun akatemian eli yliopiston sihteeri hänestä tuli 1658, [[logiikka|logiikan]] ja [[metafysiikka|metafysiikan]] professori 1665. Teologisen tiedekunnan professoriksi hän siirtyi 1679 ja teologian tohtoriksi hänet vihittiin 1689. Flachseniuksen huomattavin teos oli yhteensä 37 väitöskirjana ilmestynyt ja 1678 lopullisesti valmistunut ''Collegium logicum'', joka kuului aristotelelais-skolastiseen filosofiseen koulukuntaan ja jossa hän hylkää [[René Descartes|kartesiolaisen filosofian]] ja polemisoi [[ramismi]]a vastaan. Teologina Flachseniusta pidettiin jyrkän puhdasoppisena. Palkkapitäjänsä [[Lieto|Liedon]] kirkkoherra hän oli 1679, Maarian kirkkoherra 1684, Turun tuomiokirkkoseurakunnan ja [[Kaarina]]n kirkkoherra sekä tuomiorovasti 1687.
Flachseniuksen puoliso vuodesta 1668 oli Susanna Meisner.
