Ero sivun ”Aleksei Mihailovitš” versioiden välillä

Aleksein valtakauden alussa vallan sai hänen kasvattajansa [[Boris Morozov]] sai vallan. Morozovin ympärille kertyneisiin suosikkeihin kuului muun muassa molempien yhteinen lanko Ilja Miloslavski.

Moskovassa puhkesi kesällä 1648 monipäiväinen [[suolakapina]]. Tsaari joutui kiinnittämään huomiota hänelle jätettyihin anomuksiin ja kutsui [[zemski sobor]]in jälleen koolle. Sen noin 350 edustajaa laativat uuden lakikokoelman, ''Sobornoje uloženije'', joka julkaistiin 1649. Laki korosti tsaarin asemaa ja antoi toisaalta maaseudun aatelistolle ja kaupunkilaisille etuja kirkon tappioksi.

Vuonna 1652 [[Moskovan ja koko Venäjän patriarkaatti|Venäjän kirkon patriarkan]] tehtävä vapautui vuonna 1652, ja Aleksei järjesti paikan munkki Nikonille, jonka oli jo aiemmin nimittänyt Novgorodin metropoliitaksi. Nikon vastusti vuoden 1649 lakia ja vaati aatelilta ja tsaarilta valan ennen suostumistaan tehtävään. Sotaan lähtiessään Aleksei antoi Nikonille arvonimen ''Veliki gosudarin'' ja valtionhoitajan aseman.

Aikuistuttuaan Aleksei nousi kuitenkin vuonna 1658 vastustamaan Nikonia 1658, joka vetäytyi perustamaansa luostariin mutta ei luopunut patriarkan arvonimestä. Tilanne ratkaistiin lopulta vuonna 1666 Moskovan suuressa kirkolliskokouksessa, jossa Nikon tuomittiin ja erotettiin. Idän kreikkalaiset patriarkat lausuivat vastoin piispojen kantaa, että patriarkan piti olla hallitsijalle kuuliainen. Näin omaksuttiin vanhanvanha bysanttilainen käytäntö, jossa kirkko oli hallitsijan alainen.