[[Tiedosto:Euromayday.jpg|thumb|Euromayday-juhlat makasiineilla keväällä 2006.]]
VR:n jälkeen makasiinien omistajina olivat [[Ratahallintokeskus]], [[Valtion kiinteistölaitos]] ja [[Senaatti-kiinteistöt]].<ref name="O87"/> VR:n tavaraliikenne siirtyi Pasilaan vuonna 1988 ja makasiinit jäivät tyhjilleen. Vuonna 1989 taiteilijayhdistys [[Muu (yhdistys)|MUU]] ja taiteilijaosuuskunta Vapauden aukio asettuivat rakennukseen vuokralle. Tiloihin tulivat myös muun muassa [[Ruohonjuuri]], Galleria Jangva, Studio Magito (1990-2006), Kaupunginteatterin metallipaja, pyöräkorjaamot Ekobike ja Greenbike sekä ravintola Bar Alahuone (2000-2002). 1990-luvulla makasiinit tunnettiin VR:n [[kirpputori]]sta, tarkemmalta nimeltään [http://www.magito.fi/makasiinit.net/vuokralainen_kirpputori.htm Marskin kirpputori], jota hallinnoi [http://www.magito.fi/ Magito] Oy. Myyntipaikkoja oli parhaimmillaan 235 ja kävijöitä päivässä 8000-120008 000–12 000. Magito pyöritti Makasiineilla myös Tsaarin Kahviota kirpputorin yhteydessä (1992-2000) sekä vuokrastudiota ammattikuvaajille (1991-2006), jonka toiminta siirtyi 2006 [http://www.suvilahti.fi/ Suvilahteen]. <ref>Nuoret tekijät valtasivat vanhat VR:n kasarmit. Helsingin Sanomat, 31.7.1991. Sanoma.</ref> <ref>Tapahtumia Töölönlahden Makasiineilla 1987-2002, Helsingin Sanomat 13.4.2002. Sanomat.</ref> <ref>Töölönlahden tiilimakasiinien purkaminen kestää…, Helsingin Sanomat 21.3.2006. Sanomat. </ref> <ref>Makasiinien tilalle löytyi neljä ehdokasta, Helsingin Sanomat 8.4.2006. Sanomat.</ref> Pihamaalla pidettiin suuria tapahtumia, kuten keskiaikafestivaalit, lumilautakilpailu, televisiokanavan palkintogaala, [[Tuska Open Air Metal Festival|Tuska-festivaali]]; sisätiloissa puolestaan muun muassa [[sarjakuvafestivaalit]], sirkusta ja muotinäytöksiä.<ref>Oksanen 2006, s. 91</ref> Vuonna 2000 Kulttuurikaupunkisäätiö valitsi makasiinit Helsingin [[kulttuuripääkaupunki|kulttuurikaupunkivuoden]] keskipisteeksi, minkä seurauksena kuvataide ja esittävä taide olivat koko vuoden ajan esillä makasiineilla.<ref name="O103">Oksanen 2006, s. 103</ref> [[Flow-festivaali]] järjestettiin ennen makasiineilla, mistä ne siirtyivät Sörnäisiin.<ref>{{Lehtiviite | Tekijä =| Otsikko =Flow-festivaali muuttaa Sörnäisiin | Julkaisu =Helsingin Sanomat | Ajankohta =2.6.2006 | Julkaisija =Sanoma | www =}}</ref>
1990-luvulta alkaen makasiineja kutsuttiin myös "Tsaarin talleiksi", jonka nimityksen keksi eräs rauhanaktivisti. Professori [[Matti Klinge]]n mukaan nimityksellä ei kuitenkaan ole historiallista pohjaa. Töölön tavara-asemalla oli tosin ainakin vuonna 1915 Venäjän sotaväen ratsuja, joita kuljetettiin pois Suomesta. Kenraalikuvernöörin adjutantti I. Timiriasew oli kuvannut hevoset kameralla.<ref>Oksanen 2006, s. 39</ref>
