[[Jatkosota|Jatkosodan]] aikana Auer toimi 11. joulukuuta 1941 perustetun [[TieteellinenValtion tieteellinen Itä-Karjalan toimikunta|TieteellisenValtion tieteellisen Itä-Karjalan toimikunnan]] puheenjohtajana. Hänet valittiin puheenjohtajaksi [[Kaarlo Linkola]]n kuoleman jälkeen huhtikuussa 1942. Tuolloin syntyi myös yhdessä historiantutkija [[Eino Jutikkala]]n ja kansatieteilijä [[Kustaa Vilkuna]]n kanssa kirjoitettu ''Finnlands Lebensraum'' ({{K-fi|Suomen elintila}}, 1941), jossa perustellaan [[Itä-Karjala]]n olevan historiallisesti ja maantieteellisesti osa Suomea. Teos kirjoitettiin suoraan saksaksi, sillä sitä suunniteltiin käytettäväksi "tieteellisenä" perusteena Suomen aluevaatimuksille sen jälkeen kun [[kansallissosialistinen Saksa|Saksa]] olisi miehittänyt [[Neuvostoliitto|Neuvostoliiton]]. Toimeksianto kirjoittamiseen tuli korkeimmasta valtiojohdosta: kirjahankkeen ideoija oli presidentti [[Risto Ryti]], kirjoittajat värväsi pääministeri [[J. W. Rangell]] apunaan poliittinen sihteerinsä [[L. A. Puntila]].<ref name="ReferenceA">{{Kirjaviite | Tekijä = Ohto Manninen | Nimeke = Suur-Suomen ääriviivat: Kysymys tulevaisuudesta ja turvallisuudesta Suomen Saksan-politiikassa 1941 | Sivu = 228–234 | Julkaisija = Kirjayhtymä | Vuosi = 1980 }}</ref><ref>{{Verkkoviite | Osoite = http://www.helsinki.fi/jarj/polho/Poleemit2006/poleemi_sinivalkoinen.pdf | Nimeke = Finnlands Lebensraum| Tekijä =Jaakko Poikonen | Tiedostomuoto = PDF| Selite = s. 25–26| Julkaisu =Poleemi | Ajankohta = 4/2006| Julkaisupaikka =Helsinki | Julkaisija =Poliittisen historian opiskelijat | Viitattu = 27.7.2008}}</ref>
