Jo vuonna 1882 alettiin suunnittelemaansuunnitella uuden yliopistoon johtavan yksityisen suomenkielisen tyttökoulun perustamista Helsinkiin, mutta lopulta perustajat kääntyivätkin yhteiskouluajatuksen kannalle. Malli muodostui myöhemmin merkittäväksi esikuvaksi muille [[oppikoulu]]ille eri puolilla maata.<ref name="historia">[http://www.syk.fi/index.php?option=com_content&view=article&id=46&Itemid=57 Historia] Koulun omat sivut. Viitattu 6.3.2012.</ref> Koulun perustamislupa annettiin vuonna 1886 professori [[Thiodolf Rein]]ille ja vapaaherra [[E. G. Palmén]]ille. Omistajina oli alkuun joukko yksityisiä henkilöitä, vuodesta 1892 osakeyhtiö. Alkuvuosinaan koulu toimi [[Kamppi|Kampissa]] useissa osoitteissa, kunnes 1890 valmistui oma koulutalo osoitteeseen [[Yrjönkatu]] 24.<ref name="matrikkeli">[http://www.yksityiskoulut.fi/yksityiskoulujenmatrikkeli/suomyhteiskoulu.htm Suomen yksityisten oppikoulujen digitaalinen matrikkeli : Helsingin Suomalainen yhteiskoulu 1886-]</ref> Sen tieltä purettiin [[J. V. Snellman]]in entinen kotitalo.<ref name="historia" /> Koulu toimi Yrjönkadun ja Kalevankadun kulman koulutalossa vuoteen 1937, jolloin valmistui uusi rakennus [[Etu-Töölö]]ön osoitteeseen Nervanderinkatu 13. Nykyisiin tiloihin [[Etelä-Haaga]]an koulu muutti 1972.<ref name="matrikkeli" /> Nykyisen rakennuksen on suunnitellut arkkitehtipariskunta [[Heikki Siren|Heikki]] ja [[Kaija Siren]].<ref name="historia" /> [[Väinö Vähäkallio]]n suunnittelema Nervanderinkadun koulutalo on nykyään [[Museovirasto]]n tiloina, Yrjönkadun talo on purettu.
SYK tunnettiin alusta alkaen uudistusmielisenä ja monet sen käyttöönottamat kokeilut ovat sittemmin vakiintuneet koko koululaitokseen. [[Peruskoulu]]un siirryttäessä 1977 koulun rakenne säilyi entisellään. Elokuussa 1990 koulusta tuli Suomen ensimmäinen [[IB-lukio]], kun kansainväliseen International Baccalaureate -tutkintoon tähtäävä englanninkielinen linja perustettiin.<ref name="matrikkeli" />
