Sotilasuralle paluun sijaan Ehrnrooth määrättiinkin tammikuussa 1882 Suomen ministerivaltiosihteerin apulaiseksi Pietariin.<ref name="Kenraalit" /> Hän ei tiettävästi suhtautunut tehtävään erityisen vakavasti ja ministerivaltiosihteeri [[Theodor Bruun]] ei arvostanut hänen kykyjään. Suomen poliittiset johtajat ja hallitusmiehet eivät pitäneet keisarille ja Venäjän sotaministerille lojaalia kenraalia sopivana henkilönä vahtimaan Suomen etuja aikana, jolloin valtakunnan yhtenäistämispyrkimystenyhtenäistämispyrkimykset nostaessanostivat päätään.<ref name="KB" /> Pitkään Venäjällä palvelleena Ehrnrooth myös tunsi huonosti Suomen oloja. Bruunin kuoltua vuonna 1888 Ehrnrooth nimitettiin marraskuussa hänen seuraajakseen ministerivaltiosihteerinä ja [[Helsingin yliopisto|yliopiston]] sijaiskanslerina.<ref name="Kenraalit" /> Hänen asemansa muodostui vaikeaksi eikä hän pitänyt virkaan liittyvistä muodollisuuksista ja velvollisuuksista.<ref name="KB" />
Keisarin vaadittuaVuonna 1889 keisari vaati Suomen posti-, tulli- ja rahalaitoksen yhdistämistä vastaaviin venäläisiin laitoksiin. [[Suomen senaatti|Suomen senaatissa]] oltiin sitä mieltä, ettei Ehrnrooth ollut tosissaan yrittänyt estää hankkeen toteutumista. Senaatin mielestä asia oli myös alistettava Suomen säätyjen päätettäväksi, kun taas Ehrnrooth oli yhdessä [[Suomen kenraalikuvernööri|kenraalikuvernööri]] [[Fjodor Heiden]]in kanssa eri mieltä. Häneen kohdistetunJouduttuaan voimakkaan kritiikinarvostelun vuoksikohteeksi Ehrnrooth vetäytyi lopulta kriittisellä hetkellä sairaslomalle, ja Suomen postilaitoksen itsenäisyyden lakkauttaneen [[postimanifesti]]n esittely jäi hänen apulaisensa [[Woldemar von Daehn]]in vastuulle. Tämän jälkeen Ehrnrooth halusi lähinnä päästä eroon tehtävästään. Keväällä 1891 paljastui, että Suomen [[Rikoslaki|rikoslain]] voimaantulon lykkäännyttyä tsaarin antamasta uudesta lakiesityksestä oli toimitettu säädyille virheellinen ruotsinnos, jossa keisarilliseen julistukseen oli ujutettu [[Leo Mechelin]]in kehittelemää Suomen ja Venäjän unioniteoriaa tukevia kohtia. Virheellisen käännöksen oli lähettänyt – mahdollisesti tahallaan – valtiosihteerinviraston sihteeri [[Alexis Gripenberg]].<ref name="KB" /> Jouduttuaan venäläisten lehtien syytösten kohteeksi Ehrnrooth otti kuitenkin vastuun tapahtuneesta ja erosi huhtikuussa 1891. Hän sai viikkoa myöhemmin eron myös sotapalveluksesta.<ref name="Kenraalit" />
