Vuonna 2006 Tiisanoja jäi [[Yleisurheilun sisäratojen maailmanmestaruuskilpailut 2006|Moskovan MM-hallikilpailuissa]] karsinnan 16:ksi alle 19 metrin työnnöllä. Kesällä hän sijoittui [[Yleisurheilun Euroopan-mestaruuskilpailut 2006|Göteborgin EM-kisoissa]] 11:ksi, vaikka oli karsinnan viides lähes metrin finaalia paremmalla tuloksella.
Elokuussa 2006 Tiisanoja jäi kiinni [[testosteroni]]n käytöstä ja myönsi A-näytteen oikeellisuuden. Tiisanoja saituomittiin kahden vuoden kilpailukiellon ja 50 000 euron sopimussakonsopimussakko rangaistuksena dopingrikkomuksesta. Tiisanoja kertoi, että dopingin käytön takana olivat olleet heikosti sujunut hallikausi sekä kovat menestyspaineet<ref>{{Verkkoviite | Tekijä= | Nimeke=Ville Tiisanojan lausunto| Ajankohta=30.8.2006 | Osoite=http://www.hs.fi/urheilu/artikkeli/Ville+Tiisanojan+lausunto/1135221309955 | Julkaisija=Helsingin Sanomat | Luettu=1.3.2009 | Kieli= }}</ref>. Hän myönsi myös saaneensa testosteronia välikäden kautta. Tiisanojan kilpailukielto alkoi 24. elokuuta 2006<ref>{{Verkkoviite | Tekijä= | Nimeke=Pekingin kisat jäävät Tiisanojalta väliin | Ajankohta=20.3.2007 | Osoite=http://www.hs.fi/urheilu/artikkeli/Pekingin+kisat+j%C3%A4%C3%A4v%C3%A4t+Tiisanojalta+v%C3%A4liin/1135225974326 | Julkaisija=Helsingin Sanomat | Luettu=20.3.2007 | Kieli= }}</ref> ja lisäksi hänen kilpailutuloksensa 27. kesäkuuta 2006 lähtien on mitätöity<ref>[http://www.hs.fi/urheilu/artikkeli/Kuulanty%C3%B6nt%C3%A4j%C3%A4+Tiisanoja+j%C3%A4i+kiinni+dopingista/1135221304986 HS:Kuulantyöntäjä Tiisanoja jäi kiinni dopingista]</ref>, mikä tarkoittaa, että hän menetti vuoden [[Kalevan kisat 2006|2006 Suomen mestaruuden]]. Tiisanoja ei ole kilpaillut kilpailukieltonsa päättymisen jälkeen. Vuonna 2010 uutisoitiin, että Suomen Urheiluliitolla oli saamatta Tiisanojalle määrättyä sopimussakkoja useita kymmeniätuhansia erutoja.<ref>SUL uhkaa Ville Tiisanojaa oikeudella. [http://www.iltalehti.fi/urheilu/2010030511246607_ur.shtml] viitattu 23.7.2012.</ref>
