Sarjassa [[Transformers: Prime]] on muinainen paha olento, jonka [[Kolmetoista Primea|13 alkuperäistä transformeriaPrimea]] kukistivat kauan sitten. Kukistuneena Unicron lepäsi avaruudessa muodostuen planeetaksi. Hänen verestään syntyi Pimeä Energon, jota [[Decepticon]]it alkoivat käyttää aseenaan. Jaksossa ''One Shall Fall'' [[Megatron#Transformers: Prime|Megatron]] ymmärsi, että [[Maa]] oli tämä planeetta, joka oli muodostunut Unicronin ympärille. Hän työnsi tulivuoreen Pimeä Energonia ja 1. kauden 3-osaisessa päätösjaksossa jaksossa ''One Shall Rise'' Unicron heräsi ja Megatron yritti tunnustautua hänen käskyläisekseen. Mutta Unicron ei hyväksynyt hänen apuaan ja halusi tuhota Optimuksen itse. Hän alkoi taistella Autobotteja vastaan kalliosta ja kivestä muodostamillaan useilla avatareillaan. Lopulta Autobotit ja Megatron päättivät yhdessä mennä Maan ytimeen tuhoamaan Unicronin [[Johtajuuden Matrix]]illa, mutta tehdessään sen Optimus menetti kaikki Cybertronin sisällissotaan liittyvät muistonsa ja Megatron vei hänet mukanaan [[Luettelo Transformersin aluksista#Nemesis|Nemesikseen]] houkutellen hänet liittymään Decepticoneihin.
