[[700-luku|700-]] ja [[800-luku]]jen vaihteessa kirkko tuhoutui ehkä [[Avaarit (muinainen kansa)|avaarit|avaarien]] hyökkäyksessä. Ei ole kuitenkaan varmuutta siitä, sijaitsiko vanhin Zenolle pyhitetty kirkko todella nykyisen kirkon paikalla. Vasta tälle paikalle [[800-luku|800-luvun]] alussa rakennetusta uudesta kirkosta on dokumentoitua tietoa. Se rakennettiin piispa Ratoldin toimesta kuningas Pipinin myötävaikutuksella ja todennäköisesti arkkidiakoni Pacificuksen johdolla ja valmistui [[806]]. San Zenon jäännökset siirrettiin uuteen kirkkoon juhlallisessa kulkueessa, johon osallistuivat kuninkaan ja [[Verona]]n [[piispa]]n lisäksi [[Cremona]]n ja [[Salzburg]]in [[piispa]]t ja suuri saattojoukko Monte Baldolta kutsuttujen pyhien erakoiden, Benignuksen ja Caruksen kantaessa arvokkaita jäännöksiä. Tästä karolinkiajan kirkosta on joitakin jäänteitä säilynyt nykyisessä kirkossa [[Benedictus Nursialainen|Pyhän Benediktuksen]] kappelin osina. Kirkko joutui [[Verona]]n muiden esikaupunkikirkkojen mukana hävityksen kohteeksi [[unkarilaiset|unkarilaisten]] hyökkäillessä Pohjoi-[[Italia]]an vuosien [[893]] ja [[906]] välillä. Unkarilaisvaaran väistyttyä kirkkoa ja luostaria alettiin kunnostaa. Se rakennettiin jo nykyisen laajuiseksi, tosin vähän lyhyemmäksi. Vuoden [[1117]] maanjäristys vaurioitti kuitenkin rakennusta pahoin.
=== Romaaninen kirkko ja myöhemmät uudistukset ===
