Runkosarjassa pisteitä jaetaan seuraavasti: 2–0-voitosta saa kolme pistettä ja 1–0-voitosta kaksi. Jos ottelu on kahden jakson jälkeen tasan (0–0 tai 1–1), molemmat joukkueet saavat yhden pisteen. Tällöin ottelun voittaja ja ylimääräisen (siis toisen) sarjapisteen saava joukkue ratkaistaan supervuorossa tai tämän jälkeen kotiutuslyöntikilpailulla.
Runkosarjassa tasapisteissä olevien joukkueiden keskinäisen paremmuuden ratkaisee kolmen pisteen voittojen (eli 2–0-voittojen) määrä, niiden ollessa tasan kaikkien voittojen määrä ja tämän jälkeen tehtyjen ja annettujen juoksujen ero. Jos edelleen ollaan tasatilanteessa ratkaisee keskinäisten ottelujen voitot, tämän jälkeen keskinäisten ottelujen pisteet ja lopulta keskinäisten ottelujen juoksuero.
Runkosarjan päätyttyä kahdeksan parasta joukkuetta pääsivät pudotuspeleihin. Puolivälierät (1–8, 2–7, 3–6 ja 4–5) pelattiin paras seitsemästä -järjestelmällä, välierät ja loppuottelut paras viidestä ja pronssiottelut paras kolmesta. Joka kierroksella runkosarjassa parhaiten sijoittunut joukkue kohtsi heikoimmin sijoittuneen.
Runkosarjan kaksi viimeistä joukkuetta pelasivat karsintaottelut putoamisesta Ykköspesikseen kaudelle 2010. Karsintaottelut pelattiin paras viidestä -järjestelmällä. Ykköspesiksen kaksi parasta joukkuetta nousivat suoraan Superpesikseen kaudelle 2010, jolloin joukkuemäärä nousi takaisin 12:een.