Seura perustettiin 1983 nimellä Hoylake WFC. Pian perustamisensa jälkeen seuran nimeksi tuli Leasowe Pacific, kun Hoylake ja Dolphins YC yhdistyivät. Leasowe Pacific ylsi 1988 naisten FA Cupin loppuotteluun, jonka se hävisi, ja uudestaan 1989, jolloin se voitti Friends of Fulhamin 3–2. Seura voitti alueellisen sarjan viidesti peräkkäin, minkä jälkeen Pacific pääsi mukaan Division One Northiin ja nousi sen voitettuaan naisten Valioliigaan.[1]
Everton juhlii vuoden 2010 cup-mestaruutta.
Leasowe Pacificista tuli Everton Ladies Football Club vuonna 1995. Naisten Valioliigassa Everton saavutti ensimmäisen ja toistaiseksi mestaruutensa 1998. 2000-luvulla Everton oli yksi sarjan kärkiseuroista ja sijoittui muun muassa toiseksi viidesti peräkkäin vuosina 2006–2010. Vuonna 2010 seura voitti toisen kerran naisten FA Cupin kukistamalla Arsenalin 3–2.[1]
FA:n naisten superliiga (FA WSL) perustettiin 2011 ja Everton oli yksi sen kahdeksasta perustajajäsenestä. Vuonna 2014 Everton putosi sarjaporrasta alemmas. Everton pääsi taas FA WSL:n korkeimmalle sarjatasolle 2017, kun se sai konkurssiin menneen Notts Countyn sarjapaikan.[1][2]
