Aivokudos isoaivoissa ja pikkuaivoissa koostuu hermosoluista eli neuroneista sekä niitä ympäröivistä hermotukisoluista, jotka ovat järjestäytyneet tietyllä tavalla. Sen sijaan aivorungossa solut eivät ole järjestäytyneet yhtä selkeiksi alueiksi.

Isoaivokuori koostuu pääasiassa harmaasta aineesta, joka sisältää lähinnä hermosolujen soomaosia ja tuojahaarakkeita (dendriittejä). Lisäksi harmaassa aineessa on hermosoluja huoltavia gliasoluja. Isoaivokuoren lisäksi harmaata ainetta esiintyy pieninä saarekkeina, tumakkeina, syvemmälläkin aivoissa sekä selkäytimen pylväissä. Aivorungon alueella harmaa aine muodostaa tumakkeita yhtenäisemmän aivoverkoston. Harmaassa aineessa on runsas hiussuonitus.

Valkea aine muodostaa aivojen sisemmän loppuosan. Se koostuu pääosin hermoimpulsseja soomaosista muualle hermostoon kuljettavista hermosolujen aksoneista ja niitä ympäröivistä gliasoluista sekä verisuonista. Valkean värinsä kudos saa aksoneita ympäröivien myeliinituppien rasva-aineesta, myeliinistä. Valkeaa ainetta on myös selkäytimen reunaosissa.

Aivoja ja selkäydintä ympäröivät lisäksi sidekudoksesta koostuvat aivokalvot.